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权力框架已定，剩余的事情都好谈。
朱由检要求将禁卫军团作为他的卫兵，保卫京师皇城的安全，其余军队任由林纯鸿进行整编和处理。
朱由检还要求，皇城不得作为各大机构的办公场所，林纯鸿不仅同意，而且还许诺，各大机构将在北京城之西北、香山之东的区域（海淀）建立新城，作为各大机构的办公场所。
……
陈奇瑜、黄宗羲既作为谈判方，又作为中间人，忙碌了整整半年，直到崇祯十五年九月，方才完成所有的谈判工作。
紧接着，北京新城开始建设，原有的荆州中枢机构开始搬迁，大明银行、光禄院，也开始筹划搬迁。
崇祯十六年正月初一，在走过了一系列程序之后，林纯鸿正式就任大明内阁总理，一众原中枢官员，皆在大明中枢找到了自己的位置。朱由检任命魏国公徐文爵为大理寺卿。
张道涵、朱之瑜、郭铭彦、李崇德、周望、张兆、陆世明依然担任阁幕使，魏国公徐文爵作为大理寺卿，自动成为阁幕使。与此同时，林纯鸿将彭新调回大理寺就任寺丞，担任徐文爵的副手，并被任命为阁幕使。
大明一众官僚，尤其是杨一仁、包哲东、马世奇、熊文灿、黄渤、田楚云、狄威等人，他们考虑到张道涵、李崇德、周望的年事已高，数年之内就要卸任，无不卯足了劲，力图开拓，为自己今后的政治前途添砖加瓦。
新政府当然要有新气象。
内阁总理林纯鸿宣布，按照前期工程院研究的成果，自今年始，投入巨资对黄河、淮河流域进行综合治理，彻底改变河南、山东、河北及两淮地区一次次清零的窘境。
内阁总理宣布，鉴于大明境内钢铁产量大增，钢铁价格回归至正常，修筑从武昌至京师的钢轨路，修筑洛阳至徐州的钢轨路，修筑京师至宣府的钢轨路，修筑京师至山海关的钢轨路。
内阁总理宣布，大规模扩建天津、登州、莱州海港，整治境内内河航道，修筑一系列高标准官道……
……
荆州那帮土蛮子，果然个个都是工程狂。新政府的新气象，非得用一系列超大型工程来展现。不过，举国欢庆，超大型工程，带来的必然是新的挣钱机会。
当然，荆州土蛮子还是军事狂。
枢密院下令，虎啸军团、骠骑军团北上至山海关，接替山海关防务，调辽东总兵吴三桂至保定，进行整编。
吴三桂和祖大寿商议一番，虽极不情愿，但在虎啸军团及天武军团的强大压力之下，吴三桂不得不率兵前往保定，在雄威、天武两军团的监视下，进行整编。
没过多久，枢密院又派龙虎军团在锦州附近登陆，接替祖大寿，承担起锦州的防务。枢密院令祖大寿率兵至山海关，在虎啸、骠骑军团的监视下，进行整编。
在剔除了大量兵痞，对各级军官进行大换血后，将关辽兵编为虎卫、神策两军团。虎卫军团由周世亮、陈奎分别担任正副统帅，神策军团则由窦石温、周遇吉分别担任正副统帅。周遇吉、陈奎两人，到底无法忍受皇帝卫兵的寂寞，辞职后来到枢密院，得到了林纯鸿和周望的重用。
至于吴三桂、祖大寿等一帮辽东高级军官，则在枢密院找到了自己的位置，从事一些军政、军务管理工作。
与此同时，枢密院又对靖**团及蓟辽军团进行了整编，补充了大量军官，完善了各级指挥机构及武器装备后，依然由黄得功和曹变姣担任统帅。
北方的军队整编进行得如火如荼时，郑芝龙顺应大势，提出将福建舰队与东洋舰队合编，并交出棉兰老岛及香料诸岛之统治权。
林纯鸿、周望大喜，对东洋舰队进行了整编，并任命郑芝龙为东洋舰队提督，原提督宋书陶则成为海军副提督，上升了一级。
本来，枢密院对关辽兵进行整编时，是满清鞑子挑事的最好机会，林纯鸿还严加戒备，以防鞑子闹事。
哪知，皇太极生了重病，不停地呕血，根本就没有精力挑事。
待关辽兵及其他军队整编完成后，枢密院对军队重新调整了部署：宣武军团返回河南开封驻防、靖**团南下至保定驻防。
雄威、天武军团驻扎蓟州及通州，骠骑、虎啸两军团调至锦州，蓟辽、神策、龙虎军团驻防山海关、永平，虎卫军团调至宣府。
如此军力部署，只要稍稍有点军事常识，就能一眼看出，大明试图对辽东用兵。
而且，三路攻辽的作战思路也清晰可见：宁锦一线为主攻方向，以骠骑、虎啸、神策、蓟辽四军团作为主力；辽东半岛为辅攻方向，金吾军团担负辅攻及牵制的任务；辽西为辅攻方向，以武卫军团、虎卫军团为主力。
龙虎军团则驻扎在永平（今秦皇岛），随时可作为奇兵登陆辽东。
雄威、天武军团则作为预备队，随时准备对前线进行支援。